2006 yılında İnsuyu Mağarası'ndaki göllerin araştırılması ve haritalandırılması ile başlayan araştırma projesinde mağaranın kuru kısımlarının haritasında da yanlışlar olduğu anlaşıldı. Bu çerçevede başlayan araştırmada mağara yeniden iki koldan haritalanmaya başlandı. Türkiye Mağaracılar Birliği'nin de katıldığı araştırma ve haritalandırma iki yılda tamamlandı. Mağaradaki Büyük, Umut ve Muz Gölleri'nin sualtı haritaları çıkarıldı. Mağaranın bittiğini düşünülürken Nisan 2008'de ODTÜ-SAT MADAG tarafından yapılan araştırmada mağara içinde bulunan Sonsuzluk Gölü'de biri kuru biri de sulu olmak üzere iki kolun ilerlediği saptandı. Bu kolların sonuna kadar gidilemedi ancak gidilen yere kadar olan bölümleri haritalandırıldı. Bu kapsamda Şubat 2009 sonunda Aspeg tarafından İnsuyu Mağarası'na bir araştırma gezisi düzenlenmiştir.